蒙醫學將疾病分為陰性病、陽性病兩大類型。進而分為“赫依”、“希拉”、“巴達干”病三種病質。這三種病質又可分為4門,404病,1116證。經過長期臨床實踐，將這些病證歸納為20種基本性質?！昂找馈保ㄖT風）病的性質是糙、輕、寒、細、強、動等 6種；“希拉”(火、熱)病的性質是脂、銳、熱、輕、臭、泄、濕等7種;“巴達干”(痰、寒、濕)病的性質是脂、寒、重、鈍、柔、固、粘等7種。針對這些病質,蒙醫采取多種治療方法和手段。
藥物治療 在臨床實踐中，主要是利用藥物的17種功能（柔、重、溫、脂、固、寒、鈍、涼、和、稀、燥、淡、熱、輕、銳、澀、動）去克制病證的20種基本性質，從而達到治療的目的。其大致情況是：克制“赫依”病質，柔→糙、重→輕、熱→寒、脂→細、柔→強、固→
動；克制“希拉”病質，淡→脂、鈍→銳、寒涼→溫熱、和→輕、稀→臭燥、燥澀→濕泄；克制“巴達干”病質，淡→脂、熱→寒、輕→重、銳→鈍、澀→柔、燥→粘、動→固。符號“→”表示克制，前為藥物功能，后為病證性質。
除藥物治療以外，蒙醫在長期的臨床實踐中還逐漸摸索出一些適合于地域和民族特點的治療方法與技術，如飲食療法，外傷與正骨療法、正腦術、灸療、放血療法等。
飲食療法 蒙古族人民中流傳著這樣一句諺語:“病之始，始于食不消；藥之源，源于百煎水”。諸如奶食、肉食、骨湯之類，只要食用適當，都可以起到滋補強身、防病治病的作用。這是古代人從長期的生活實踐中總結出來的飲食療法的前身。在《蒙古秘史》中，就有用馬奶酒救治受傷大出血昏厥病人的記載。元朝飲膳太醫忽思慧用漢文編著的《飲膳正要》中記載了各種食物、有關驗方和蒙古族的大量飲食療法、營養保健膳食等內容。第三卷中按米谷品、獸品、禽品、魚品、果品、菜品以及料物共7類，收載了常用食物計203種，對這些極易得到的普通食物進行整理、歸納、闡明了每一種食物的性、味、有毒無毒以及效用,有相當的實用價值，并附有170 幅插圖。書中還介紹了關于“養生避忌”、“妊娠食忌”、“乳母食忌”、“飲酒避忌”、“四時所宜”、“五味偏走”等專題。此外還闡述了“服藥食忌”、“食物利害”、“食物相反”、“食物中毒”等問題。此書一直在蒙醫飲食療法中使用。
外傷與正骨療法 據史書記載，蒙醫傷科形成較早。由于蒙古族人從事畜牧業和狩獵，騎馬射箭，經常發生跌傷、骨折、脫臼、腦震蕩等創傷。因此，自古以來就積累了正骨、治傷方面的經驗。對于各種兵器創傷，也有不少醫療方法。如在《蒙古秘史》等歷史文獻中，就有用燒灼療法來治療流血不止的傷口；用蒸氣罨的活血方法治療內傷;用牛羊草結的退燒療法、熱罨療法;用駝鮮血治療箭傷等。明清時期的著名外科醫生和正骨師綽爾濟·墨爾根，擅長外科手術和正骨、按摩、罨療、藥浴、涂法等外治術，曾采用冰凍麻醉方法進行正骨手術。一位叫伊桑阿的醫師，他的正骨術很出名。這些醫家的醫術代代相傳，對蒙醫正骨術的繼承和發展有貢獻。
正腦術 在蒙醫典籍《甘露四部》中有詳盡的記述。據記載，治療方法有四種，無論何種方法均應用“以震治震”的原理。適用于牧民落乘、跌傷等外傷所致的腦震蕩。治療用具有布帶、碗、筷、小錘、沙子或米。方法是先用布帶將患者的頭部緊緊圍裹一圈，然后裝滿沙子或米的碗用布蒙住，倒置在患者頭頂，令患者將一只筷子橫咬在嘴里，醫生用另一只筷子敲打所咬筷子露出的兩端，作為預備性（或診斷性）治療，然后再用小錘隔著布帶在患者腦后枕部震敲3～9次即可。
灸療 蒙古灸療是在熱敷療法的基礎上發展起來的，早在1000多年前藏醫《四部醫典》中就有“蒙古灸”的記載。蒙古灸是一種將炒黃的小茴香包裹在白凈的羊毛氈中,進行燒灼、溫熨;或將一小塊白凈的羊毛氈浸泡入黃油中煎煮后取出敷置于應灸部位。灸草用廣泛生長于蒙古各地的白山薊草。還可采用西河柳灸、火把灸、溫針灸等方法進行灸療。
放血療法 將一定部位的淺部靜脈切開或刺破進行手術放血，以治療和預防疾病的一種治療方法。多用于由血、希拉引起的熱性疾病，如傷熱擴散、騷熱、疫熱、癤腫、瘡瘍、痛風、索日亞（包括結核）、丹毒、黃水病等。巴達干與赫依引起的寒證，如果與血和希拉合并時，亦可采用放血治療。放血療法時機的選擇和把握因疾病的不同而各異。如體腔出血侵及臟腑、擴散熱、騷熱、食物中毒等，易在發病初期及時放血施治；而身體沉重麻木,但無惡寒癥狀者,則宜于在疾病中期放血；當疾病因血和希拉熱邪，病血漫布于脈道，易轉化為其他疾病時，則在應用其他方法引發其余熱后，施行放血療法。放血方法分為術前準備和正式放血兩個步驟。術前準備又分為遠行和近行兩種。遠行即熱病未成熟時，在放血前先服三天清血湯藥，促使其成熟，使正血與病血分離，然后再放血施治。近行即放血前不服藥，但通過曬太陽或烤火取暖驅涼、祛寒。正式放血，又包括放血前的結扎，部位選穴，具體操作，觀察血色、放血量和輔助治療等內容。體質虛弱、孕婦、產后、浮腫、胃火衰敗等寒性疾病患者忌用放血療法。兒童和老年人，用瀉下法、催吐法、鼻藥及灌腸法施治之后，亦禁用放血療法。
除上述療法外，尚有阿拉素療法、瑟博素療法、灌腸療法、燙沙療法、油脂療法、罨敷療法等。
